La Historia comienza en una Biblioteca en la Noche. Dos chicas misteriosas roban un
libro en donde se habla de una misteriosa Joya y una extrańa Maquina. Las dos
chicas se hacen llamar Annie y Oglie, quienes pertenecen al Equipo Rocket.
Después de escapar de la Biblioteca, las dos chicas llegan a una extrańa ciudad
llamada Altomare, una ciudad inundada y con drenajes.
Al día siguiente, vemos a Ash y Misty listos para competir en una Carrera de Pokemon en
el agua. Ash compite con Totodile, y Misty con Corsola. La competencia termina
con el triunfo de Misty y su Corsola. Un chico que queda en segundo lugar les da
un pequeńo Tour por la ciudad y llegan a dos columnas en donde en la cima estan
las siluetas de dos Pokemon. El chico les dice que se tratan de los guardianes
de Altomare: Latios y Latias.
Después, cuando los chicos van por un helado, Pikachu se queda atrás para tomar algo de
agua de una llave. Una chica le ayuda, abriendo la llave, para que tomara su
agua, cuando llega Ash la chica lo mira a los ojos y luego se marcha.
Annie y Oglie se encuentran con la chica que le había ayudado a Pikachu, quien intenta
escapar cuando Annie le dice “Latias”. Las chicas sacan a su Ariados y Espeon y
comienzan a atacar a la chica sin embargo son interrumpidos por Ash y Pikachu.
Ash toma de la mano a la chica y logran escapar. Misteriosamente cuando se
encuentran a salvo, la chica desaparece.
Cuando visitan el museo, Ash descubre que la chica a la que perseguían se encuentra
pintando y decide perseguirla. En cuanto la alcanza, la chica dice no conocerlo
y sigue su camino. Ash decide seguirla de nuevo y la chica lo conduce a un
extrańo jardín en donde son atacados por Latios, pero es interrumpido por la
chica y la cosa es más confusa cuando Ash ve a dos chicas iguales. Poco después
Ash descubre que una de esas chicas era realmente Latias y la otra chica se
llama Bianca. El abuelo de Bianca y ella le explican todo de cómo se había
formado la ciudad (todo gracias al padre de los actuales Latios y Latias) y que
su alma estaba en una extrańa Joya llamada la Joya Alma que hacia que el agua
fluyera en esa ciudad. Después de lo explicado, Bianca lleva a Ash al Centro
Pokemon, durante el camino Ash le cuenta que dos misteriosas chicas perseguían a
Latias.
Mientras, en el taller del abuelo de Bianca, un Espeon entra y usa su poder Psíquico
contra él. Se trataba del Espeon de Annie. Annie y Oglie llegan al mismo jardín
que llegó Ash y comienzan a atacar a Latios y Latias. En un momento desesperado
de proteger a Latias, Latios se sacrifica y queda atrapado en una extrańa red
mientras que Latias logra escapar por el canal. Poco después, Latios es llevado
antes una Maquina que hay en el Museo. La Maquina se pone en marcha, cuando
ponen a Latios en un círculo y la Joya Alma en donde va. Cuando son descubiertas
por Bianca y su abuelo, estos caen inconcientes de nuevo por el ataque Psíquico
de Espeon
Mientras tanto, Latias llega al Centro Pokemon con Ash, quien se las presenta a Misty y
Brock. De pronto, Latias usa su Visión Compartida gracias a Latios y Ash logra
ver lo que esta pasando en el Museo. En seguida, Ash, Pikachu y Latias salen en
camino hacia el museo.
Sin embargo, Oglie se posesiona de la maquina y revive a dos Pokemon fosilizados:
Kabutops y Aerodactyl; para que fueran por Latias. En medio del camino, estos
dos Pokemon hayan a Ash y Latias y tratan de llevarsela sin embargo gracias a
Ash y a los Pokemon de Misty y Brock logran salvarla de los dos Pokemon. Cuando
están por llegar, Oglie hace unos movimientos que controlan el agua y trata de
ahogar a Ash, Pikachu y Latias. Sin embargo, Latias usa su poder y rompe esa
especie de hechizo que hace que la Maquina del Museo se descontrole.
En un intento desesperado, Ash, Bianca y su abuelo logran sacar a Latios de una
extrańa esfera de energía lo cual causa que la Maquina parara. Pero, Annie al
intentar agarrar la Joya Alma, la Maquina vuelve a activarse descontroladamente y
hace que el agua de Altomare desaparezca y comience a regresar en forma de una
enorme ola que haría desaparecer la ciudad.
Latios y Latias se sacrifican usando su mayor poder en contra de la ola. Sin embargo,
Latios es quien muere, pero gracias él la ciudad se salva. Al amanecer, Ash y
los demás encuentran a Latias en el mar y esta les indica lo que ha pasado con
Latios, y como ultima Vision Compartida, Latios les enseńa lo que estaba viendo
(El Planeta Tierra alejándose). Y con su sacrificio…se crea una nueva Joya Alma
que hace que todo vuelva a hacer como antes.
Y finalmente, Ash, Misty y Brock comienzan a marcharse en un pequeńo barco cuando
Ash ve a Bianca. Bianca los alcanza poco después y sin decir nada le entrega un
rollo de papel y después de entregárselo le da un beso y acto seguido se da
media vuelta y se va. Ash desenrolla el papel y se trata de un dibujo de él con
Pikachu. La historia termina cuando están ya saliendo a Mar abierto y Pikachu y
Ash observan a un par de Latios y una Latias dirigiéndose a Altomare.
