El juego cuenta con algunas novedades como la selección de dos personajes de diferente sexo, así como la historia del juego que cambiará un poco respecto al Pokémon legendario principal, que en este caso será Suicune.

Cyndaquil, Totodile y Chikorita. Siguen siendo los mismos Pokémon Iniciales a escoger que en Oro y Plata. Otra de las novedades en Pokémon Cristal, es la aparición de un nuevo personaje, se trata de Eusine, que tratará de capturar a Suicune al mismo modo que tú.

Aunque parezca que no, en Pokémon Cristal hay muchas diferencias respecto a los juegos anteriores Pokémon Oro/Plata, las cuáles son las siguientes:

Poder coger entre una chica o un chico para jugar.
Una Torre Batalla en la ciudad Olivo.
Pokémon con animaciones.
Cambios de ubicación de los Pokémon.
Cartel que dice el nombre de los lugares que visites.
Nuevos ataques.
Poder obtener Pokémon difíciles de obtener por medio de la guardería.
Poder trasferir Pokémon de las versiones pasadas por Cable Link.
Reloj en tiempo real con cambios de día a noche.
Poder capturar a Raikou, Entei, Suicune, Lugia, Ho-Ho y Celebi sin ningún evento o trasferencia.

Hay 2 Pokémon que son esenciales en Pokémon Cristal, los cuales son Suicune y Unown, aunque también cabe destacar a Celebi, el Pokémon del Encinar.