La
película comienza con Shaymin corriendo por el bosque algo asustado, al parecer
en busca de agua, cuando en eso encuentra un lago y empieza a beber de el,
después de un momento aparece Dialga y empieza a beber agua del mismo lago, en
ese momento aparece una especie de torbellino en el lago y de el sale una ráfaga
de viento que inmoviliza a Dialga y al mismo tiempo manda volando al Shaymin el
cual se queda atrapado en la cola de Dialga. Del torbellino sale una extrańa
sombra morada que luego se transforma en Giratina, agarra a Dialga y lo lleva
dentro del torbellino al mundo inverso, en eso aparece un personaje misterioso
en una especie de base y al parecer el es el que estaba controlando las acciones
de Giratina.
Otro extrańo sujeto con un Shieldon aparece en el escenario en
donde estaba Dialga y Giratina y estaba contemplando lo que estaba sucediendo,
en un momento de oportunidad Dialga se libera de Giratina e intenta escapar por
el agujero por el cual entró, pero Giratina lo agarra y lo mete de nuevo en el
Mundo Inverso. Giratina al ver que Dialga seguía intentando escapar le ataca con
una híper rayo y este es herido, un segundo ataque de Giratina trata de
acertarle a Dialga, pero este falla y le da al lugar en donde se encontraba
Shaymin y este sale volando, Giratina ve a Shaymin y se aproxima a atacarlo,
pero este hace una especie de ataque en el cual emana una brillante luz y es
absorbido por el agujero hacia el mundo normal, Dialga aprovecha la confusión y
nuevamente intenta escaparse, pero nuevamente Giratina lo agarra y lo vuelve a
jalar hacia el mundo inverso.
En ese momento Dialga estaba tan desesperado que
le lanza un ataque a Giratina dejándolo completamente inmóvil, aprovecha la
oportunidad de escapar y sale por el agujero, Giratina trata de alcanzarlo pero
el agujero se cierra, luego abrió otro pero cuando trató de cruzar por el no
pudo, al parecer algo le había hecho Dialga para que no lo siguiera, en esto el
extrańo sujeto se asombra por esa extrańa explosión de luz y le dicen que eso
fue obra de Shaymin, se ve como Shaymin cae por un río y llega a una ciudad
mientras los misteriosos sujetos se dan cuenta de que Giratina quedó atrapado en
una corriente de tiempo con ese ataque de Dialga.
La historia comienza viendo a Ash, Pikachu, Maya, Brock y sus Pokémon comiendo a
las orillas de un puerto cuando en eso aparece Shaymin todo lleno de polvo y se
les trepa a la mesa en la cual estaba la comida, cuando los chicos ya estaban
listos para ir a comer notan que Shaymin se les estaba comiendo la comida,
Piplup y Pikachu tratan de decirle que deje esa comida que no era de el, luego
Shaymin muerde accidentalmente a Piplup y luego Shaymin salta sobre Ash y lo
empieza a atacar, este luego cae sobre la parrilla en la cual estaban cocinando
y levanta una gran nube de polvo, la cual es absorbida por Shaymin. Luego de
esto Shaymin comienza a iluminarse y termina desatando un ataque el cual los
deja a todos en el suelo.
Los otros Pokémon estaban a punto de lincharlo al
Shaymin cuando Maya los detiene, le dice al Shaymin que no tiene nada de que
preocuparse, lo coge y luego de esto le da un bańo y lo seca. En eso oyen una
voz que dijo que ese bańo estuvo muy bien pero que el agua estaba un poco fría y
que pudo haber sido más suave al secarlo. Todos quedan asombrados ante aquel
hecho, pero después descubren que eso fue la telepatía de Shaymin, poco después
le tocan la frente y descubren que el pobre estaba con fiebre y corren a
llevarlo al Centro Pokémon.
Al llegar allí la Enfermera Joy les dice que se
trataba de Shaymin el Pokémon Gratitud y que aparentemente estaba muy cansado,
luego sale Brock son su típica escena de romance, pero Groakung le da un golpe
por la espalda el cual lo deja en el suelo, luego de eso sale Chansey trayendo a
Shaymin. El Shaymin dice que tenía hambre así que Maya le da una galleta, luego
se presenta ante el formalmente y luego Ash hace lo mismo pero Shaymin le lanza
una nube de humo en la cara y Ash se asusta, luego la Enfermera Joy le dice que
se trataba de un Fogonazo el cual era un ataque que absorbía el aire contaminado
y lo separaba en los elementos básicos, luego de eso este aire es expulsado.
Luego Shaymin les dice que necesita que lo lleven al Jardín de Flores y
nuevamente interviene la Enfermera Joy diciéndoles que esa era una tradición de
los Shaymin, luego Ash y los demás acceden a llevarlo, pero tras la puerta se
encontraba como siempre el Team Rocket oyendo la conversación se ponen como
objetivo capturar al Shaymin y llevárselo a su jefe. Luego de eso parten hacia
el Jardín del Flores, pero al parecer Giratina detecto la presencia de Shaymin y
también empezó a moverse con rapidez dentro del Mundo Inverso. Caminando por las
afueras del Centro Pokémon, Shaymin nota que Giratina lo estaba siguiendo, luego
aparece el Team Rocket y captura al Shaymin, cuando en eso se abre un portal y
estos son succionados dentro del Mundo Inverso, por suerte Maya logró recuperar
a Shaymin a tiempo, pero luego Ash, Pikachu, Shaymin y ella fueron succionados
por el portal dejando a Brock solo.
Llegan al Mundo Inverso y estaban un tanto
sorprendidos de estar ahí ya que todo era muy extrańo, en eso aparece Giratina y
se dirige hacia ellos, Shaymin dice que lo quiere comer y Ash le ordena a
Pikachu que ataque y Maya hace lo mismo con Piplup, pero sus ataques no tuvieron
efecto alguno en el, luego aparece el sujeto misterioso con su Shieldon.
Giratina les lanza un ataque pero el Shieldon le lanza un rayo y lo detiene,
luego todos salen corriendo logrando escapar de el. Luego el sujeto se presenta,
se llamaba Newton y era un investigador del mundo inverso y les explica que se
trataba de un mundo distorsionado que vivía paralelamente al mundo de la
realidad pero ambos nunca se juntaban y también les dijo que Giratina era el que
gobernaba ese mundo.
Luego se acercaron a una nube morada y Newton les dijo que
no la inhalen que eso era un veneno altamente tóxico y dijo que esas nubes se
producían por causa de la inestabilidad entre ambos mundos, después de esto les
empezó a contar la historia de que el Mundo Inverso se volvió tóxico cuando el
tiempo y el espacio se distorsionaron, es decir cuando Palkia y Dialga creyeron
que el otro había irrumpido en su territorio y su pelea desato la toxicidad,
Giratina estaba furioso con Dialga y Palkia por irrumpir en su hogar y se abrió
paso en el mundo real para capturar al Dialga, pero gracias al Fogonazo de
Shaymin Dialga logró escapar y por eso Giratina estaba furioso con Shaymin, en
eso aparece Giratina y Shaymin usa un Sustituto para huir de el, en eso corren
hacia el portal y logran volver al mundo real, el Team Rocket también intenta
salir pero se les cierra el portal para su mala suerte.
Luego de esto aparece el extrańo personaje del principio de la película con muchos
Magneton y un Magnezone dispuesto a atrapar a Shaymin, en eso empieza una
batalla y Ash y los demás empiezan a huir de el. Para la suerte de ellos
lograron meterse a un tren y escaparon de ellos. En el tren se encuentran con
mucha gente y todos ellos quedan sorprendidos al ver al Shaymin, en eso ven que
Giratina se aproximaba. Shaymin al aproximarse a un ramo de flores gracideas que
llevaba una de las mujeres dentro del tren se transforma a su forma celestial.
La seńora del tren le indica a Ash y a sus amigos donde está la ubicación del
jardín de flores y todos se llenan de alegría cuando en eso aparecen todos los
Magneton y empiezan atacar al tren, entre Pikachu, Piplup y Shaymin logran
derrotarlos a todos y finalmente escapan. Llegan su destino y continúan con su
camino hacia el Jardín de las Flores, van en bote por un valle que al parecer
era un glasear derretido, horas mas tarde se abre un portal en el agua y Ash y
los demás son absorbidos por al hacia el mundo inverso, el misterioso sujeto
aprovecha y también entra por el portal junto a sus Magneton.
Shaymin empieza a pelear con Giratina pero sus ataques no tuvieron efecto alguno sobre el, luego
se le une Pikachu y logran hacer que retroceda un poco, pero luego Shaymin
vuelve a su forma normal, mas adelante logran escapar de Giratina con la ayuda
de Newton. Mientras estaban descansando un poco de tanto caminar, Shaymin es
capturado por los Magnamite al igual que el resto. El personaje misterioso
finalmente revela su nombre el cual es Siro antiguo ayudante de Newton y le dice
que se apoderaría del Mundo Inverso. Siro hace que Shaymin respire una gran
cantidad de aire tóxico con el fin de hacer que haga un gran Fogonazo el cual
abrió un agujero que le permitió a Giratina entrar nuevamente al mundo real. La
extrańa nave de Siro la lanza un rayo y captura a Giratina, Newton le empieza a
contar a los chicos que el había diseńado esa máquina la cual permitía absorber
las habilidades de Giratina, pero a expensas de sacrificarlo, por eso el cancelo
el proyecto de la construcción de la máquina, pero Siro se molesto mucho y
decidió continuarlo por su cuenta finalmente completando la construcción de la
máquina.
Todos deciden ir a salvar a Giratina y ponen en marcha el rescate, los Magnamite
empiezan a atacarlos pero todos empiezan a combatirlos, logran subir a la nave y
Newton se separa del equipo para detener a Siro. Newton empieza a hackear el
sistema y justo cuando el scanner estaba llegando al 99% logra detenerlo, de
esta forma salvando a Giratina. La nave empieza a caer debido a que Newton la
apago para detener el scanner, Giratina cae al agua y la nave se estrella contra
las montańas. Giratina sale del agua lentamente y cae al piso como si al parecer
estuviera apunto de perder la vida, en eso Shaymin se sube sobre el y utiliza
Aromaterapia para devolverle la energía vital a Giratina, finalmente Giratina se
levanta y de muestra muy agradecido ante todos los que estaban preocupados por
el. Antes de festejar la victoria una pequeńa nave sale del agua con siro dentro
el cual sin dudarlo empieza a atacarlos, luego entro al Mundo Inverso y empezó a
tacarlos desde dentro de el. En eso se ve que aparece Regigigas que despertó
como resultado de la conmoción que estaba ocurriendo cerca del glaciar el cual
Siro estaba destruyendo dentro del mundo inverso.
Ash y Giratina empiezan a atacar la nave de Siro mientras Maya, Brock y el resto de Pokémon estaban
tratando de detener el glaciar que estaba por derrumbarse sobre el Jardín de
Flores y finalmente sobre el pueblo. En ese momento aparece Regigigas junto a un
ejército de Mamoswine dirigiéndose hacia el glaciar, con la ayuda de su Poder
Oculto Regigigas logra hacer que el glaciar retroceda. Ash continuaba con su
batalla contra Siro pero al parecer nada estaba dando resultado, Giratina logra
agarrarse de la nave de Siro mientras Shaymin realizó un Fogonazo haciendo que
todos fueran expulsados al mundo real. Al parecer todos habían logrado escapar
del Mundo Inverso menos Ash y Pikachu, pero ellos se estaban ocupando de reparar
los dańos que Siro había cometido, el glaciar finalmente se detuvo y entre el
hielo salió Ash sobre Giratina del Mundo Inverso. Giratina se va volando al
parecer en busca de Dialga y Ash y el resto se quedan contemplando los Shaymin
en el Jardín de Flores, la película termina con Shaymin dejando todo su ego
atrás y con lágrimas en los ojos les dice que queda eternamente agradecido con
todos ellos, cambia a su forma cielo y se va a volar por el cielo con sus
amigos. Ash y sus amigos finalmente se despiden de Newton y retoman su camino.
