Los ayudantes del Profesor Ciprés, Dexio y Sina, nos harán entrega de un objeto llamado 'Arca de Zygarde', que nos permitirá recoger los núcleos y células del Pokémon legendario que hay esparcidos a lo largo de la región de Alola. Se insinúa que al encontrar el número suficiente de núcleos y células se podrá dar con el paradero de Zygarde.